すばらしい効率性を引き出す
テキサス大学オースティン校の客員科学者である後藤和茂氏は、スーパーコンピュータをさらにカスタマイズしました。後藤氏はBLAS（Basic Linear Algebra Subprograms：基本線形代数サブプログラム）のライブラリを最適化したのです。ロックハート氏によると、この最適化は、スーパーコンピュータが処理速度10.28テラフロップというベンチマークを達成するための大きな助けとなりました。

ロックハート氏は言います。「これらのライブラリは、アセンブリコードレベルで、各プロセッサアーキテクチャごとにマニュアルで最適化する必要があります。できるだけ高いギガフロップを実現しようとするならば、とても長く単調な作業になるのが普通です。しかし、後藤は早くからPower Mac G5システムを使っており、5週間か6週間で、90％台半ばという信じ難いほどの効率性を引き出すことに成功しました。デュアルプロセッサ搭載のPower Mac G5の理論限界は、16ギガフロップ、つまり1プロセッサにつき8ギガフロップです。彼はシングルプロセッサで、95％の効率性を達成しました。これほどの短期間でこの数字を出したのは驚くべきことです。」

オハイオ州立大学のダバルスウォー・パンダ（Dhabaleswar Panda）博士は、InfiniBand技術に対応したインターフェイスライブラリ（MVAPICH）を提供しました。このライブラリはLinux系OSで開発されたため、バラダラジャン博士は、BSDを基盤とするMac OS Xにライブラリをスムーズに移植できました。「スリニディはパンダ博士のところの大学院生の手を借りて、移植作業を完成させました」と、ロックハート氏は振り返ります。「彼らがMac OS Xにライブラリを移植する作業でとても役立ってくれたので、私たちはマシンクラスタを構築することができたのです。この助けがなければ、プロジェクトの目標を達成するのは極めて困難だったことでしょう。」

アップルはプロセッサ最適化ツールをすべて無償で提供しているため、バージニア工科大はPowerPC G5に搭載されている強力な最適化機能をすぐに利用することができました。まとめてCHUD（Computer Hardware Understanding and Development）と呼ばれるこの機能群には、プロファイル、プロセッサシミュレータ、視覚化ツールなどがあります。これらはすべて、アップルが無償提供するXcode開発環境の一部に含まれています。