MGS4の舞台となるのはMGS、MGS2から繋がっていく、その先の時代。プレイヤーは再びソリッド・スネークとなり、新たな“使命”へと赴くことに。人工建築物に潜入したMGSとMGS2、60年代ジャングルという自然地形に挑んだMGS3に続いて、MGS4では全く新しいコンセプト、全く新しいシチュエーションでの「最も過酷な潜入任務」が始まる。