免費的 iPhone OS 3.1 Software Update 新增一些絕佳功能，亦包含前一更新版本的所有功能。iPhone OS 3.1 能提供 Genius 建議應用程式，讓您透過無線網路下載鈴聲，並以全新方式整理排列 iPhone 上的應用程式。
Genius 建議應用程式
根據您已下載的項目，建議您可能會喜歡的應用程式。
Genius 組曲
讓 iTunes 根據您資料庫中已有的內容自動製作組曲。您甚至連一首範例歌曲都不必選1。
非破壞性編輯
您可以編輯影片並儲存為新片段，因此原有的影片完全不會受影響。
在 iTunes 中整理排列應用程式
利用電腦上的 iTunes，將應用程式拖到虛擬的主畫面上，將它們同步至 iPhone1。
iPhone OS 3.1 還包含以下功能與更新：
- 改善音樂、影片、podcast 及照片1
- iTunes U 內容組織排列1
- 在 App Store 中顯示 iTunes 帳號餘額
- 將 Mail 與 MMS 中的影片存在相機膠捲裡
- iPhone 3G 在藍牙啟用時的 Wi-Fi 效能更棒
- 可透過 MobileMe 以密碼遠端鎖住 iPhone
- 可透過藍牙耳機使用 iPhone 3GS 上的語音控制功能
- 將電話號碼貼入鍵盤輸入區域
- 可選擇使用主畫面按鈕來啟用 iPhone 3GS 上的輔助使用功能
- 以 Safari 進入詐騙網站時提出警告 (防網釣防護技術)
- 改善 Exchange 行事曆同步與邀請管理
- 解決某些應用程式圖像顯示不正常的問題
iPhone OS 3.1 還包含以下 iPhone OS 3.0 功能：
剪貼拷貝
在不同應用程式之間輕鬆快速地剪下、拷貝及貼上文字。輕觸一下，即可在網頁上選擇一整段文字；還可以拷貝貼上網頁上的圖片。
橫向鍵盤
想要更多文字輸入空間嗎？將 iPhone 轉成橫向，就能在 Mail、訊息、備忘錄及 Safari 中使用更大的鍵盤。
MMS
傳送 MMS 訊息，在其中加入照片、聲音及聯絡資訊2。甚至輕按一下，就可以在“訊息”中直接拍照。您的電訊服務商可能不支援 MMS。請聯絡該電訊服務商了解更多詳情。
Spotlight Search
在同一個地方，就能在 iPhone 上找出您想要尋找的項目。Spotlight 會搜尋所有的聯絡資訊、電子郵件、行事曆、備忘錄，以及 iPod 上的一切。
語音備忘錄
出門在外時錄下備忘錄、會議記錄，或任何錄製聲音。語音備忘錄可搭配內建 iPhone 麥克風或具有麥克風功能的外接耳機。
功能更強的行事曆
您可以透過 Microsoft Exchange ActiveSync 訂定會議，還可藉由全新 CalDAV 支援功能來訂閱行事曆。
購買應用程式及遊戲
在 iPhone 上，由 iTunes STore 下載應用程式、遊戲，及免費 podcast。
功能更強的股市應用程式
在橫向畫面中一目瞭然地顯示更多資訊並觀看圖表。
Safari 功能改善
享有更快的效能、自動填入使用名稱與密碼等等。
立體聲藍牙®
接上相容的藍牙立體聲耳機、車用套件或其他配件。
Wi-Fi 自動登入
登入 Wi-Fi 熱點後，當下次再次連線時，iPhone 會自動替您登入。
同步備忘錄
您不會再遺漏備忘錄中的資訊。現在您在 iPhone 上寫好的備忘錄會同步到您的 Mac 或 PC 上。
分級保護控制
您可以決定小孩可以取用哪些音樂、影片與應用程式。
iTunes Store 帳號
直接在 iPhone 上建立或登入不止一個 iTunes Store 帳號。
YouTube 登入
登入您的 YouTube 帳號，以便儲存或同步書籤、並為喜愛的影片評分。
搖一搖，隨機播放
搖動一下 iPhone，它就會隨機播放您音樂庫中的另一首歌曲。
支援更多語言
iPhone 支援 30 種語言與 40 種以上的鍵盤配置。
MobileMe 的 Find My iPhone 與 Remote Wipe
找回您遺失的 iPhone，用 Remote Wipe 保護您的隱私。
