高槻涼は進級したばかりの高校二年生。始業式のその日に現れた転校生・新宮隼人は奇妙な左腕を振りかざし、突然涼に襲いかかった。さらに、対峙する二人の前に、謎の男・爪(クロウ)が現れる。爪が涼の幼なじみ・カツミを傷つけようとしたまさにその時、涼の右腕が…!?その腕が掴むものは…神の未来か、悪魔の過去か…!!
消えたカツミを捜し求める涼に同行する隼人、武士、アル。そんな彼らの前に現れたカツミそっくりな少女・恵(けい)こそが四人目のアームズだというのだが…!?反エグリゴリ組織「ブルーメン」とは…!?謎が謎を呼ぶ新展開、第二部突入!
涼と隼人、二人のアームズの前に、三人目のアームズ・巴武士が現れる。そんな彼らを狙うエグリゴリの次なる刺客は、学校に異常な恨みを持つ「チャペルの双子」アルとジェフ。プラスとマイナスの二体のサイボーグを駆使し、学校を火の海へと陥れる。
キース・ホワイトの歪んだ野望が生んだ「プログラム・バンダースナッチ」を発動し、東京に出現したカツミ。人類を滅ぼすため、ホワイトはカツミとの融合を図ろうとする。その進撃を止めるため都心へ向かった涼たちは敵・モジュレイテッドの妨害をかいくぐり、アームズの力を完全復活させるが…!?壮大なる熱きドラマ、堂々の完結!!
アリスはアザゼルに施設から抜け出すベストポイントを聞き、実験体の少年たちを連れて脱走を試みる。だが、その教えられた場所にはキースたちがいた。「どうして自由にしてくれないの!?私は私でいたい」と泣きながら訴えるアリスだったが…!?
アリスと融合し、巨大化してニューヨークに出現したジャバウォック。破壊と憎悪の権化と化したジャバウォックが街を焼き尽くすなか、核ミサイルが暴走を始めた。その頃、もう一人の「人を愛するアリス=白いアリス」は、武士の繭の中に進入する。
銃と魔法の異次元バトル!!拡張現実サバゲー青春部活コメディー!!高校AR/MS競技大会2回戦、空ノ宮高校VS.皐月川高校!!統制されたミリタリーチームで優勝候補の一角である空ノ宮とたった1人の魔法少女で勝ち上がったダークホース皐月川が激突する!!...
依然植物状態のまま、エグリゴリの中枢・アリスの世界に迷い込んだ武士は、そこで騎士(ナイト)と名乗る男と遭遇した。騎士は「汝が勇気を持つ者なら、我とともに来たれ。悪しき者たちの王、我が宿敵にして世界の破壊者、ジャバウォックを倒すために」と、武士に告げる。
李は涼たちの捕虜となっているティリングハースト博士から、エグリゴリの数々の謎を聞こうとする。博士は情報と引き換えに、植物状態の武士の体を実験材料として使うことを要求する。武士を救うためには博士に調べてもらうしかないと考えた涼は、その条件をのむ。
エグリゴリとの戦いを終えた涼たちは、アームズの力は失ったものの、ようやく平和な日常を取り戻していた。だがそれも束の間、今度はエグリゴリの残存勢力が新たな作戦「プログラム・バンダースナッチ」遂行のため、日本に集結していた。
